新三板并非在传统的上海证券交易所或深圳证券交易所进行交易，而是通过全国中小企业股份转让系统（简称股转系统）完成股份转让，该系统是独立于沪深交易所之外的全国性证券交易场所，专门服务于创新型、创业型和成长型中小微企业，提供融资渠道和股份流通平台，避免与主板市场混淆。
作为我国多层次资本市场体系的关键组成部分，新三板由国务院批准设立、中国证监会监管，其前身可追溯至2006年的代办股份转让系统，2012年正式升级为全国性平台，填补了区域性股权市场与交易所之间的空白。新三板采用场外交易模式，区别于沪深交易所的场内机制，强调灵活性，例如企业挂牌无需满足严格盈利标准，但需履行信息披露义务，确保市场透明度与合规性，这种设计降低了中小企业的融资成本，同时维护了投资者权益。
新三板的交易机制主要包括协议转让和做市转让两种方式，协议转让允许买卖双方自主协商价格和数量后通过股转系统完成交割，而做市转让则由具备资质的证券公司作为做市商提供双向报价，投资者据此成交；市场实施分层管理，分为基础层和创新层，基础层采用盘中集合竞价与做市混合模式，创新层引入连续竞价机制，这种精细化安排提升了交易效率，涨跌幅限制也因层级而异，例如创新层为±30%，基础层可达±100%。
投资者参与新三板交易需满足较高的适当性门槛，以匹配市场风险特征，个人投资者必须具备两年以上证券投资经验，且基础层要求开通权限前10个交易日日均资产不低于200万元，创新层则为100万元；机构投资者则需符合注册资本或净资产要求，所有交易需通过具有代办股份转让业务资格的证券公司操作，包括账户开立和委托申报环节，这种严格准入保护了中小投资者，但也影响了市场流动性。
新三板的意义在于完善资本市场结构，推动经济转型升级，它为中小微企业提供了直接融资渠道，减少对银行借贷的依赖，促进科技创新和产业成长；新三板与北京证券交易所形成基础层-创新层-北交所的递进发展格局，增强了我国多层次资本市场的连贯性，投资者通过这一平台可拓展投资选择，但需注意其流动性较低和估值差异的特性，制定与风险承受能力相符的策略。
