北交所交易佣金和沪深主板并不完全一样，即便在同一个证券账户内，两个板块的佣金费率、底层交易所规费、扣费规则都是相互独立设置，主板谈好的优惠佣金，无法自动同步至北交所板块交易当中。很多币圈及A股跨界投资者开通北交所交易权限之后，沿用原有主板交易习惯操作，没有单独调整佣金费率，导致短线频繁交易产生的手续费损耗远超主板，无形中吃掉大部分交易盈利空间。
沪深主板普通线上自助开户，默认佣金普遍维持在万分之3，经过和客户经理协商之后，多数散户可以申请到万分之1‑1.5的全佣费率。而北交所板块开户初始默认佣金普遍在万分之3至万分之6区间，券商系统将北交所单独划分为独立交易板块，不会复用主板已经生效的优惠佣金方案，必须单独发起调佣申请。监管层面佣金上限标准保持一致，均不得超过成交金额千分之三，但主板长期竞争充分，可协商的最低佣金下限整体低于北交所，资金体量较小的普通散户，北交所能够协商拿到的最低费率通常略高于主板同等条件下的佣金水平。
两个板块最大的硬性成本差距来自交易所固定规费，这一部分不受券商佣金协商影响，属于强制收取费用。沪深主板的经手费与证管费合计双向费率为万分之0.541，而北交所执行的经手费标准为双向万分之1.25，固定交易成本天然更高。印花税、过户费两项费用标准保持统一，印花税仅卖出时单边收取万分之五，过户费按照成交金额万分之0.1双向收取。另外主板严格执行单笔佣金不足5元按照5元最低标准收取，北交所同样遵循此项监管规则，小额多次交易，两个板块都会触发最低5元佣金，叠加北交所更高的经手费，小资金高频交易的成本差距会进一步放大。
投资者容易混淆全佣与净佣两个概念，这也是造成佣金体感不同的关键。主板协商的全佣，已经包含全部交易所规费，不会产生额外扣费；如果北交所仅协商了净佣费率，万分之1.5的佣金之外，还要叠加万分之1.25双向经手费，实际综合交易成本会远高于主板。对于经常做波段、日内短线的交易者来说，不能只对比券商给出的佣金数字，必须核算包含所有规费之后的真实综合费率。想要降低北交所交易成本，不能直接沿用主板佣金，需要单独联系券商客户经理，单独申请北交所专属全佣优惠费率。
简单来说，二者仅在佣金监管上限、印花税、过户费规则上保持一致；默认佣金水平、交易所经手费成本、板块费率互通规则全部存在明显区别。主板低佣不等于北交所低佣，开通北交所交易权限之后，第一件事就是核对交割单内的扣费明细，单独完成佣金调整，避免较高的固定规费叠加偏高佣金，持续侵蚀交易收益。对于短线交易者，也可以适当降低交易频次，提高单笔成交金额，规避最低佣金扣费带来的额外成本。
